A una completa mantención son sometidos los dos inmuebles patrimoniales de la antigua Aduana y la Ex gobernación Marítima, en virtud de un proyecto de inversión sectorial que la Dibam gestionó a través del Ministerio de Hacienda.

La intervención contempla la pintura de estos inmueble, a las que se agregan obras de reinstalación de la red eléctrica y obras menores. El propósito es mantener estos edificios en las mejores condiciones posible dado su condición de Monumentos Nacionales, como asimismo el bienestar de los funcionarios y público que visita el museo.

El edificio de la ex Gobernación Marítima concentra en su planta baja los depósitos de las colecciones patrimoniales y en el segundo piso las oficinas administrativas y la biblioteca patrimonial del museo, las cuales se están interviniendo, además de las dependencias de los funcionarios, lo cual hace bastante tiempo que no se hacía, explica el director Ivo Kuzmanic, quien señaló que "a mediano plazo se gestiona un proyecto para intervenir este edificio de forma integral, que contempla mejoras estructurales y necesarias para que este inmueble se conserve en el largo plazo. En el caso de la ex aduana, el edificio más antiguo de la ciudad, merece un mantenimiento y trabajos de conservación que permitan que su vida útil se prolongue en el tiempo".